Il nuovo Museo della Città, inaugurato nel 2016, è ospitato all’interno del Palazzo della Bonificazione Pontina, edificio che Papa Pio VI volle far costruire alla fine del Settecento come centro di organizzazione dei lavori di bonifica della palude pontina. Una prima sezione dell'allestimento è dedicato al Museo Archeologico, che presenta parte del nucleo originario della collezione di antichità del Museo civico “Pio Capponi”, tra cui: l'iscrizione menzionante la bonifica eseguita ai tempi di Teodorico, la testa della dea Feronia (la cui sorgente terracinese fu cantata da Orazio), la statua di Giove fanciullo seduto, una galleria epigrafica. La seconda sezione è dedicata al Museo delle Bonifiche, un racconto cronologico delle fasi delle bonifiche pontine dal Settecento a oggi, inclusa una parte riservata a quella del Ventennio e a Borgo Hermada. All’interno dello stesso Palazzo sono presenti anche l’archivio storico, la sezione storica della biblioteca comunale “Adriano Olivetti”, un punto ristoro e una terrazza panoramica.